Née à Genève, Marie-Isabelle Pernoud étudie le violon, le piano et le chant, et se passionne pour la musique vocale (choriste dans de nombreux choeurs dont le Motet sous la direction de Philippe Corboz). Parallèlement, elle entreprend des études de direction chorale avec Michel Corboz et effectuera par la suite plusieurs stages auprès de chefs de chœur de renom tel que Frieder Bernius, chef du Kammerchor de Stuttgart.
Elle enseigne actuellement la musique dans les Collèges Sismondi et Voltaire et dirige le Chœur Cité / Lac réunissant les élèves et professeurs des Collèges Calvin, de Candolle, Sismondi et Voltaire.
Par ailleurs, elle dirige le Chœur de Pontverre (avec lequel elle a donné de nombreux concerts à Genève aux Temples de la Madeleine et de la Fusterie, à la Cathédrale Saint-Pierre et au Victoria Hall avec diverses formations orchestrales dont l’Orchestre de Chambre de Genève) ainsi que l’Ensemble Vocal et Instrumental de Carouge (EVIC).
Marie-Isabelle Pernoud est membre de l’ensemble vocal féminin Volubilis depuis 2008.